选择忍者的人将根据查克拉属性分配到忍村，而拥有忍者实力却选择回到普通人社会的人也不会受到亏待，但他们的名字会被记录下来，以防利用忍术犯罪。
忍盟警务的大本营在雨之国，罪证严重并且不知悔改的忍者都被关入了水牢，让人没有想到的是这表面白色内部聚集了所有黑暗的牢狱，竟然会由漩涡鸣人负责。
这三个机构的建立使得人才需求成了一大难题。好在四战并没有白打，各地流浪忍者的加入以及五大忍村的支持还是让这些机构逐一建立了起来。在这个发展的过程中，麻烦事情自然也不少，只是每个人都有自己要做的事，没有了战争的后顾之忧，忍村之间的合作也逐渐有了默契。
鸣人和奇拉比离开云隐后没有直接回雨之国，他拜访了几个忍村，似乎是为了学习什么东西，后来又被香菱的信匆匆叫回了雨之国。
尾兽化之手将一名从水牢中逃出的忍者‘啪’的一下打了回去，鸣人本体检查了一下封印阵，思索片刻便开始修改起法阵来。
这些年鸣人没少钻研封印术，雨之国水牢的查克拉封印再次恢复了运作，大量叛忍的查克拉重新被抽出。水牢的查克拉封印阵每日都会抽取这些忍者的查克拉，近日香菱发现封印阵出现了问题，这才急忙联系鸣人。
九尾化的鸣人能清晰的感受到这些人的负面情绪。
自由、力量、地位的剥夺早已将这些叛逼疯，原本分散的仇恨都集中在了鸣人的身上。
身处在这片黑暗之中，鸣人的光无法照亮到这些人。
“佐助？那可不行，我早就习惯啦反正。”面对叛忍冰冷的眼神，鸣人无谓的耸了耸肩。
香菱原本对鸣人就有些兴趣，再加上同族的关系，有关鸣人的事情她也知道了不少。
“笨蛋鸣人，佐助也是一样的吧？”香菱忍不住轻敲了一下他的肩膀。
“我知道哟，但是佐助比我更聪明，那些让人头疼的案子就交给他吧！嘿嘿！”
鸣人爽朗的笑容让香菱有些无奈，这时忙完了的水月也走了过来，“解决了，赶紧走吧……这群家伙真是麻烦，好饿啊，鸣人！走走，我们吃面去！一乐在雨之国开的分店哟！”
“白痴水月！就知道吃！”香菱手上的力道瞬间提升了一个档次，水月直接化成了一滩水。
“喔！一乐大叔的分店！！噗哈哈，不过你们两个……”见到香菱充满威胁的眼神，鸣人适时的闭上了嘴，他想了想，直接转移话题道，“不过佐助在那个地方好像停留很久了啊我说。”
“那个地方？”提到佐助，香菱立刻换了一个脸色，她知道鸣人在感知佐助的位置，于是道，“唔……其实佐助现在应该还在大蛇丸的新基地吧。”
“……啊？”鸣人的眼睛一下子瞪圆了，“大蛇丸？！是那个大蛇丸吗！”
重新恢复成人形的水月双眼眯成了一条线，“这世界上能有第二个大蛇丸吗？”
(番外二未完)