萧云贵心头一震，明白了左宗棠的话，也不奇怪平素爱护百姓的左宗棠为何会说出这样的话来，他始终是汉人，他爱护的是汉人百姓，历史上在平定陕甘之乱时，他对回匪就没有留手，一样的以杀止杀，以暴制暴。虽然对被杀的无辜之人来说，可能不公平，但现实就是这样，没有这个不公平，可能更多的人会遭受不公平，而且左宗棠眼下加入了太平军，干的就是驱逐胡奴，恢复汉家河山的事，要如何让旗人去掉主子爷的威信，如何重塑汉人的威望，似乎杀戮是不可避免的。就像左宗棠说道，放了这些旗人，准许他们投降不杀，旗人只会认为是自己抵抗有力，这些汉人害怕了，所以放了他们，而据对不会认为是汉人心怀仁义。中华儿女的这种仁义之心，似乎想来被世人所欺，就以为中国人好欺负，一直到后世还是这样，把中国人的仁义当作是软弱可欺，而左宗棠想要的不是这种软弱的仁义，他要的是强者的仁政。
想通此节后，萧云贵看了看洪韵儿，四眼妹虽然还是有些面色不忍，但也是默默认同了左宗棠的这种说法，若是太平军没有了对抗昔日主子的勇气，失败也就不远了。当下萧云贵抽出长刀来厉声喝道：“告诉全军将士，让城内这些清妖洗干净脖子等死，告诉这些清妖，胆敢反抗我太平圣兵的下场就只有死路一条！全军炮队全部给本王运到此处来，就算打光全部的炮弹，也要攻下内城！”诸将闻言都是涨红了脸，没有一个人再提招降之事，都是高声领命之后，各自安排战事去了。
太平军将各种火炮全都运进城来，大小数百门火炮围定内城，昼夜不停的施放，各种新研制出来的炮弹也都用上，此处成了检验这些炮弹的试验场，甚至匠人营的工匠们都到了阵前，直接观看炮弹爆炸效果，就地进行改进然后试射。
内城旗人士兵、百姓虽然抵抗十分凶猛、顽强，但抵不住太平军庞大的人力、炮火优势。萧云贵又将各军新兵轮批派上阵去，以车轮战术消耗清军，同时锻炼新军的战斗意志。就这样，内城惨烈的战斗持续了数日，旗兵在太平军不间断的攻打之下，竟有人在城头守御时力尽气竭而死。
随着城内旗兵、百姓日益疲累，城内的粮食、火药及各种守城器物日渐稀少，一股绝望的气氛笼罩着满城，每日战斗间隙，总能听闻满城内旗人们的啼哭之声，每日也都有精神崩溃者从城头跳下自尽。
第五日上，太平军集中炮火轰击一处城墙，竟将此处城墙轰塌，太平军各军趁机挥军猛攻，一举突破此处城墙。太平军突入内城，清军主帅江宁将军祥厚自刎、副都统霍隆武力竭阵亡、江南提督福珠隆阿战死，其余清将均为太平军所杀。太平军此役阵亡八千余人，伤近万人，比起自长沙分兵以来历次战役伤亡人数总和还要多，是以太平军深恨旗人，在全城开始捕杀旗人，并张贴告示云，但有擒得旗人者，赏银五两。于是城中的汉人都起来搜捕追杀旗人，旗人二万余人几乎全部被杀，太平天国西殿太平军在付出两万人伤亡的惨痛代价后，全面占领南京。